Los franceses desarrollaron en su territorio una floreciente economía basada en las plantaciones y en un activo comercio, mientras que la zona española, donde se evitaba el comercio y se mostraba poco interés hacia el mismo por parte de las autoridades administrativas, decayó. En 1795 España finalmente entregó la totalidad de La Española a Francia por el Tratado de Basilea.

Durante los años siguientes, Santo Domingo quedó atrapado en las agitaciones sociales procedentes de su vecino Haití, disputado por franceses, españoles y británicos, así como por indígenas y negros. En 1801, Toussaint Louverture, líder independentista haitiano, se hizo con el control de toda la isla, y tres años después los haitianos expulsaron a los franceses y reconocieron la independencia de Haití; la parte española permaneció en poder de las tropas francesas hasta 1809, año en que se restableció la soberanía española gracias al movimiento La Reconquista dirigido por el criollo dominicano Juan Sánchez Ramírez.

A partir de ese momento comenzó el periodo que se conoce como la ‘España boba’, durante el cual la administración española ejerció una terrible tiranía. El descontento de los dominicanos fue aumentando hasta que en 1821, liderados por José Núñez de Cáceres, se levantaron en armas y proclamaron la independencia del Estado libre del Haití español. Al año siguiente, el presidente haitiano Jean Pierre Boyer ocupó militarmente el país y lo anexionó a Haití.

Boyer gobernó hasta que fue derrocado por un levantamiento general en 1843 dirigido por el patriota Juan Pablo Duarte, quien fundó la sociedad secreta La Trinitaria, cuyo objetivo era lograr la independencia de la antigua zona española de la isla. Un año más tarde, en 1844, los revolucionarios, guiados por Ramón Mella y Francisco del Rosario Sánchez, fundaron la República Dominicana, y Duarte, que estaba exiliado, entró triunfante en el país y recibió el título de ‘padre de la patria’.

Un periodo de conflictos
El primer presidente fue Pedro Santana, quien ejerció como tal entre 1844 y 1861 en lo que se conoce como la Primera República. Sus tres presidencias se caracterizaron por el descontento popular y por frecuentes disputas con Haití a causa de los límites fronterizos. El conflicto interno estaba protagonizado por dos grupos políticos: una facción pretendía restablecer el gobierno español y la otra defendía la anexión a Estados Unidos. En 1861 Santana ofreció el país a la antigua metrópoli y durante los siguientes años se sucedieron las rebeliones. Las consiguientes derrotas militares provocadas por la intervención de Estados Unidos obligaron al gobierno español a retirar sus fuerzas y a anular la anexión. La Segunda República se proclamó en 1865 con el abandono del país por el último soldado español. En 1868 accedió al poder Buenaventura Báez, cabeza del Partido Rojo (conservador), que intentó anexionar el país a Estados Unidos. Once años después, en 1879, el líder del Partido Azul (liberal), Gregorio Luperón, asumió la presidencia. A finales del siglo XIX la situación económica de la República era muy grave.